Formation MONAI

La formation MONAI aborde comment mettre en place des algorithmes de Machine Learning dans le domaine médical.

Le premier jour commencera par une revue de l’état de l’art de l’utilisation du Machine Learning dans le domaine médical. Nous verrons ensuite comment explorer, analyser et segmenter manuellement des volumes à l’aide du logiciel 3D Slicer.

Le deuxième jour sera dédié à la librairie MONAI (Medical Open Network for AI) en commençant par une indication en profondeur de ses fonctionnalités et en poursuivant par une étude de cas complète sur un algorithme de segmentation sémantique.

Enfin, nous regarderons comment déployer des algorithmes basés sur MONAI dans des applications existantes.

Slicer

Objectifs

  1. Découvrir l’écosystème du machine learning dans le domaine médical 
  2. Découvrir les outils permettant de développer, visualiser et intégrer des modèles de machine learning sur des données 3D (IRM, CT)
  3. Pratiquer avec le framework MONAI sur des cas concrets de segmentation sémantique

Prérequis

  • Python: connaissances basiques
  • Machine learning: connaissances basiques conseillées
  • Traitement d’image: connaissances basiques conseillées 

Programme

  • Jour 1
    • Machine learning dans le domaine médical
      • Cas d’applications du machine learning 
      • Jeux de données publics et challenges 
      • Problématique de frein à l’adoption du machine learning pour le médical
    • 3D Slicer pour la visualisation de données et annotation
      • Visualisation
      • Traitement des données
      • Recalage
      • Intégration de plugins Python
  • Jour 2
    • Pris en main de MONAI
    • Datasets et mise en cache avec MONAI 
    • Workflow complet avec MONAI
    • Déploiement et intégration des algorithmes de machine learning
Cette formation sera donnée en anglais sauf si tous les participants maîtrisent la langue française.
Pour cette formation, chaque participant doit venir avec son ordinateur portable. Les spécificités d’installation seront communiquées en amont par l’instructeur.

Les supports de cours sont en anglais.

Les formations Kitware peuvent être personnalisées et dispensées selon vos besoins aux centres de formation Kitware (En Europe: Lyon, France; ou aux USA: Clifton Park, New York; Carrboro, North Carolina; Santa Fe, New Mexico) ou dans votre entreprise (demande de devis).

Informations Pratiques

Durée: 2 journées
Prochaine Date: 22-23 mars 2022
Lieu: En ligne
Prix: 1 500€ (Kitware est agréé centre de formation)

Formation en Entreprise

 Nous proposons des formations personnalisées en entreprise.

A propos du formateur

Thibault Pelletier a intégré Kitware Europe en septembre 2019 en tant que Lead Developer dans l’équipe de développement applicatifs.

Thibault est diplômé de l’école Art Et Métier de ParisTech et a suivi un double cursus en Mécatronique à l’Université de Lancaster au Royaume-Uni. Thibault a ensuite travaillé pendant 9 ans chez ECA Robotics dans les domaines du traitement d’image, du machine learning et des algorithmes de navigation pour les véhicules autonomes sous-marins.

Chez Kitware, Thibault a travaillé en tant qu’ingénieur R&D et Lead Developer sur de nombreux projets d’imagerie médical basés sur 3D Slicer, ITK, RTK et MONAI.