Formation 3DSlicer

3DSlicer est une application dédiée à la visualisation et à l’analyse de données volumiques. Basée sur des bibliothèques libres et elle-même sous licence BSD, elle offre une interface intuitive donnant accès à des algorithmes de traitements d’image évolués. 3DSlicer est conçue comme une plate-forme de développement adaptée aux projets de recherche gravitant autour d’applications en imagerie. Cet outil est aujourd’hui utilisé dans une multitude de projets, de l’imagerie médicale (cérébrale, chirurgie assistée, IRMf) à l’astronomie en passant par la paléontologie.

Cette formation s’adresse aux utilisateurs d’outils de visualisation scientifique, mais aussi aux développeurs désireux d’apporter une personnalisation souvent indispensable à une application spécifique.

Slicer

Objectifs

  1. Comprendre l’interface de 3DSlicer
  2. Charger/Sauvegarder des données (DICOM, modèles surfaciques,…)
  3. Ecrire des scripts Python
  4. Utiliser des algorithmes de segmentations et de recalage

Prérequis

Connaissances de base en imagerie (volume, traitements)

Programme

  • Comprendre l’interface de 3DSlicer
    • Eléments habituels de visualisation scientifique ou d’imagerie médicale
    • Séquences d’interactions originales
  • Charger/Sauvegarder des données (DICOM, modèles surfaciques,…)
    • Diversité des formats supportés
    • Charger, visualiser, sauvegarde, exporter
  • Utiliser des algorithmes de segmentation et de recalage
    • Segmentation manuelle et semi automatique
    • Algorithmes de traitement d’image avancés
    • Croissance de région
    • Recalage manuel et semi automatique
  • Ecrire des scripts python
    • Modifier l’interface dans un environnement de programmation simplifié
    • Développer ses propres fonctionnalités et les intégrer dans l’interface
    • Traitement d’images avec NumPy
Cette formation sera donnée en anglais sauf si tous les participants maîtrisent la langue française.

Pour cette formation, chaque participant doit venir avec son ordinateur portable. Les spécificités d’installation seront communiquées en amont par l’instructeur.

Les supports de cours sont en anglais.

Le repas du midi est inclus lorsque la formation est donnée dans les locaux de Kitware.

Les formations Kitware peuvent être personnalisées et dispensées selon vos besoins aux centres de formation Kitware (En Europe: Lyon, France; ou aux USA: Clifton Park, New York; Carrboro, North Carolina; Santa Fe, New Mexico) ou dans votre entreprise (demande de devis).
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Informations Pratiques

Durée: 1 journée
Prochaine Date: 11 octobre 2023
Lieu: En ligne (webinar)
Prix: 800€ (Kitware est agréé centre de formation)

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A propos du formateur

Roman a rejoint Kitware Europe à Lyon en tant qu’ingénieur R&D dans l’équipe de développement applicatif en avril 2022. Il est titulaire d’un diplôme d’ingénieur en informatique de Télécom ParisTech, au cours duquel il s’est spécialisé dans le traitement d’images, la vision par ordinateur et l’imagerie médicale.

Avant de rejoindre Kitware, Roman a travaillé au laboratoire IADI à Nancy, ses principaux domaines d’intérêt étaient la reconstruction et le traitement avancé des images en IRM de diffusion mammaire et la classification automatique des tumeurs par analyse de texture en IRM et CT Scan.

Grâce à ses compétences acquises lors de son parcours académique et professionnel, Roman travaille principalement sur des projets de traitement d’images médicales.