Formation 3DSlicer

3DSlicer est une application dédiée à la visualisation et à l’analyse de données volumiques. Basée sur des bibliothèques libres et elle-même sous licence BSD, elle offre une interface intuitive donnant accès à des algorithmes de traitements d’image évolués. 3DSlicer est conçue comme une plate-forme de développement adaptée aux projets de recherche gravitant autour d’applications en imagerie. Cet outil est aujourd’hui utilisé dans une multitude de projets, de l’imagerie médicale (cérébrale, chirurgie assistée, IRMf) à l’astronomie en passant par la paléontologie.

Cette formation s’adresse aux utilisateurs d’outils de visualisation scientifique, mais aussi aux développeurs désireux d’apporter une personnalisation souvent indispensable à une application spécifique.

Slicer

Objectifs

  1. Comprendre l’interface de 3DSlicer
  2. Charger/Sauvegarder des données (DICOM, modèles surfaciques,…)
  3. Ecrire des scripts Python
  4. Utiliser des algorithmes de segmentations et de recalage

Prérequis

Connaissances de base en imagerie (volume, traitements)

Programme

  • Comprendre l’interface de 3DSlicer
    • Eléments habituels de visualisation scientifique ou d’imagerie médicale
    • Séquences d’interactions originales
  • Charger/Sauvegarder des données (DICOM, modèles surfaciques,…)
    • Diversité des formats supportés
    • Charger, visualiser, sauvegarde, exporter
  • Utiliser des algorithmes de segmentation et de recalage
    • Segmentation manuelle et semi automatique
    • Algorithmes de traitement d’image avancés
    • Croissance de région
    • Recalage manuel et semi automatique
  • Ecrire des scripts python
    • Modifier l’interface dans un environnement de programmation simplifié
    • Développer ses propres fonctionnalités et les intégrer dans l’interface
    • Traitement d’images avec NumPy
Cette formation sera donnée en anglais sauf si tous les participants maîtrisent la langue française.

Pour cette formation, chaque participant doit venir avec son ordinateur portable. Les spécificités d’installation seront communiquées en amont par l’instructeur.

Les supports de cours sont en anglais.
Le repas du midi est inclus.

Les formations Kitware peuvent être personnalisées et dispensées selon vos besoins aux centres de formation Kitware (En Europe: Lyon, France; ou aux USA: Clifton Park, New York; Carrboro, North Carolina; Santa Fe, New Mexico) ou dans votre entreprise (demande de devis).

Informations Pratiques

Durée: 1 journée
Prochaine Date: 9 octobre 2020
Lieu: Lyon, France
Prix: 800€ (Kitware est agréé centre de formation)

Formation en Entreprise

 Nous proposons des formations personnalisées en entreprise.

A propos du formateur

Julien Finet est Leader Technique pour le développement applicatif au sein de Kitware à Lyon.

A Kitware, Julien Finet a été développeur et chef de projet sur de nombreux projets d’imagerie médicale (Slicer, ITK, DICOM…), de visualisation scientifique (VTK, Paraview…), de conception assistée par ordinateur (CAO) (JT, PLMXML, STEP…) et plus récemment sur des projets de visualisation sur le web (VTK.js, React…) En 2014, Julien a rejoint l’équipe européenne à Lyon en France.

Avant de rejoindre Kitware en 2008, M. Finet a effectué un stage sur une méthode de tractographie dans le département d’imagerie neuronale chez Siemens Corporate Research à Princeton, NJ aux Etats-Unis. Il a ensuite travaillé en tant que consultant informatique pour General Electric Healthcare à Buc en France dans le département de l’Advantage Workstation.

Julien Finet a obtenu un diplôme d’ingénieur en informatique de l’Université de Technologie de Compiègne (UTC) en 2005 ainsi qu’un D.U.T. en informatique avec spécialité traitement d’images à l’Institut Universitaire de Reims en 2002.