Julien Jomier

Président Directeur General

Julien Jomier est Président Directeur Général de Kitware SAS, filiale européenne du groupe Kitware qu'il a fondée en 2010.

Julien dirige actuellement le projet MIDAS, un système pour la collecte, le traitement et la distribution de données scientifiques. Il est également l'architecte principal de CDash, un logiciel open-source pour le processus de développement C++, compagnon des logiciels CMake et CTest. Julien est également responsable de l'élaboration de la revue libre Insight-Journal, une revue électronique libre pour la promotion de la science.

Julien a reçu une maîtrise en génie électrique et traitement de l'information de l'ESCPE-Lyon (France) en 2002 et une maitrise en informatique de l'Université de Caroline du Nord à Chapel Hill (USA) en 2003. Il a travaillé sur une variété de projets dans les domaines du calcul parallèle et distribué, de l'informatique mobile, du traitement de l'image et de la visualisation 3D. En 2005, M. Jomier et le Dr. Aylward ont créé une succursale du groupe Kitware en Caroline du Nord comptant plus de 15 employés, où M. Jomier était responsable de la division de gestion et de traitement des données.

 

En tant que développeur de la boîte à outils Insight (ITK), M. Jomier a été impliqué dans des projets couvrant aussi bien la reconstruction stéréo, le recalage d'images et de modèles que la segmentation d'objets. Il est aussi le contributeur des boîtes à outils « Spatial Objects » et « Spatial Object Viewer ». Ses principaux domaines de recherche couvrent la chirurgie assistée par ordinateur, la fusion de données multi-modalité ainsi que l'aide au diagnostic. Il est également l'un des développeurs principaux de la boîte à outils Image-Guided Surgery Toolkit (IGSTK) et continue à apporter sa contribution à la boîte à outils Insight.

Avant de joindre Kitware, M. Jomier était Enseignant de Recherche en Radiologie à l'Université de Caroline du Nord et membre du "Computer-Aided Diagnostic and Display Lab".

Publications

  1. C. Gueunet, P. Fortin, J. Jomier, and J. Tierny, "Task-based augmented merge trees with Fibonacci heaps," 2017.
  2. J. Jomier, "Open science--towards reproducible research," Information Services and Use, vol. 37, pp. 361-367 2017.
  3. C. Gueunet, P. Fortin, J. Jomier, and J. Tierny, "Contour Forests: Fast Multi-threaded Augmented Contour Trees," IEEE Symposium on Large Data Analysis and Visualization, 2016
  4. N. Passat, S. Salmon, J. Armspach, B. Naegel, C. Prud’homme, H. Talbot, A. Fortin, S. Garnotel, O. Merveille, O. Miraucourt, and J. Jomier, "From Real MRA to Virtual MRA: Towards an Open-Source Framework," International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, pp. 335-343 2016.
  5. V. Chabannes, A. Ancel, J. Jomier, and C. Prud'Homme, ANGIOTK : An Open Platform to reconstruct vessels from MRI images and simulate blood flows to ultimately provide Virtual Angiographies. HAL CCSD, 2015
  6. A. Ribes, B. Lorendeau, J. Jomier, and Y. Fournier, In-Situ Visualization in Computational Fluid Dynamics Using Open-Source tools: Integration of Catalyst into Code\_Saturne. Springer Berlin Heidelberg, 2015, pp. 21-37
  7. C. Prud'Homme, V. Chabannes, M. Szopos, A. Ancel, and J. Jomier, "From medical imaging to numerical simulations," Advanced technologies and treatments for Glaucoma, 2015
  8. L. H. Cevidanes, A. C. Ruellas, J. Jomier, T. Nguyen, S. Pieper, F. Budin, M. Styner, and B. Paniagua, "Incorporating 3-dimensional models in online articles," American Journal of Orthodontics and Dentofacial Orthopedics, vol. 147, no. 5, pp. 195-204 2015.
  9. I. Aalbersberg, P. Alvarez, J. Jomier, C. Marion, and E. Zudilova-Seinstra, "Bringing 3D visualization into the online research article ," Information Services and Use, vol. 34, pp. 27-37, Sep. 2014.
  10. M. McCormick, X. Liu, J. Jomier, C. Marion, and L. Ibanez, "ITK: enabling reproducible research and open science," Front Neuroinform, vol. 8, no. 13, Feb. 2014.
  11. J. Finet, R. Ortiz, J. Andruejol, A. Enquobahrie, J. Jomier, and S. Aylward, "Bender: An Open Source Software for Efficient Model Posing and Morphing, Biomedical Simulation Lecture Notes in Computer Science,"Jan. 2014.
  12. C. Marion, J. Pouderoux, J. Jomier, S. Jourdain, M. Hanwell, and U. Ayachit, "A Hybrid Visualization System for Molecular Models," The 18th International Symposium on Web3D Technology, Web3D '13 in ACM, 2013
  13. D. Pace, A. Enquobahrie, P. Reynolds, J. Jomier, E. Bullitt, and S. Aylward, "TubeTK: An open-source toolkit of algorithms operating on images of tubes," 26th International Congress and Exhibition on Computer Assisted Radiology and Surgery (CARS 2012), 2012, pp. 79-80
  14. J. Jomier et al., "Remote Visualization of Large Datasets with MIDAS and ParaViewWeb," Web3D Conference 2011, 2011
  15. J. Jomier et al., "An Open-Source Digital Archiving System for Medical and Scientific Research," Open Repositories 2010, 2010
  16. K. Krishnan, L. Ibanez, W. Turner, J. Jomier, and R. Avila, "An open-source toolkit for the volumetric measurement of CT lung lesions," Optics Express, vol. 18, no. 14, pp. 15256-15266, Jul. 2010.
  17. J. Baumes, J. Jomier, and T. M. Shead, "Interactive web visualization as an aid to software quality.," 2010.
  18. J. Jomier et al., "An open-source framework for testing tracking devices using Lego Mindstorms," SPIE Medical Imaging, vol. 7261, no. 72612S, Feb. 2009.
  19. J. Jomier et al., "A digital archiving system and distributed server-side processing of large datasets,"vol. 7264, no. 726413, Feb. 2009.
  20. K. Cleary, A. Enquobahrie, Z. Yaniv, L. Ibanez, S. Aylward, H. Zhang, D. Gobbi, J. Jomier, H. Kim, P. Cheng, B. Blake, and K. Gary, IGSTK: The Book. Signature Book Printing, Gaithersburg, Maryland, 2007
  21. A. Enquobahrie, P. Cheng, K. Gary, L. Ibanez, D. Gobbi, F. Lindseth, Z. Yaniv, S. Aylward, J. Jomier, and K. Cleary, The Image-Guided Surgery Toolkit IGSTK: An Open Source C++ Software Toolkit. Springer-Verlag, 2007
  22. S. Aylward, J. Jomier, S. Barre, B. Davis, and L. Ibanez, "Optimizing ITK's Registration Methods for Multi-processor, Shared-memory Systems," MICCAI Workshop on Open Source and Open Data, 2007
  23. J. Peyre, J. Smith, J. Jomier, C. Castellano, M. Hollingshead, S. Aylward, and M. Castill, Systemic Lupus Erythematosus CNS Vasculitis: circulatory pathology demonstrated with perfusion MRI. ASNR, 2006
  24. M. Koenih, W. Spindler, J. Rexilius, J. Jomier, F. Link, and H. Peitgen, Embedding VTK and ITK into a visual programming and rapid prototyping platform. SPIE Medical Imaging, 2006
  25. J. Jomier et al., "3D/2D Model-to-Image Registration Applied to TIPS Surgery," Springer, vol. 4191, pp. 662-669, Jan. 2006.
  26. P. Cheng, H. Zhang, H. Kim, K. Gary, B. Blake, D. Gobbi, S. Aylward, J. Jomier, A. Enquobahrie, R. Avila, and L. Ibanez, IGSTK: Framework and Example Application Using an Open Source Toolkit for Image-Guided Surgery Applications. Proceedings of SPIE, 2006, 2006
  27. M. Blake, K. Cleary, S. Ranjan, K. Gary, J. Jomier, S. Aylward, and L. Ibanez, Component-Based Design and Development for Robust Medical Applications. High Confidence Medical Device Software and Systems (HCMDSS) Workshop, 2005
  28. J. Rexilius, J. Jomier, W. Spindler, F. Link, M. Konig, and H. Peitgen, Combining a Visual Programming and Rapid Prototyping Platform with ITK. Springer, 2005, pp. 460-464
  29. J. Jomier et al., "Automatic Vascular Tree Formation Using the Mahalanobis Distance," Springer, vol. 3750, pp. 806-812, Jan. 2005.
  30. S. R. Aylward, J. Jomier, C. Vivert, V. LeDigarcher, and E. Bullitt, "Spatial Graphs for Intra-cranial Vascular Network Characterization, Generation, and Discrimination," Springer, vol. 3749, pp. 59-66, Jan. 2005.
  31. J. Jomier et al., Automatic Quantification Of Pupil Dilation Under Stress. ISBI, 2004
  32. J. Jomier and S. R. Aylward, Rigid and deformable vasculature-to-image registration: a hierarchical approach. ICCAI 2004; Lecture Notes in Computer Science 3216, 2004
  33. D. Chillet, J. Jomier, D. Cool, and S. R. Aylward, Vascular Atlas Formation Using a Vessel-to-Image Affine Registration Method. ICCAI 2003. Lecture Notes in Computer Science 2878, 2003
  34. J. Jomier et al., Quantification of retinopathy of prematurity via vessel segmentation. Springer Berlin / Heidelberg, 2003
  35. S. R. Aylward, J. Jomier, S. Weeks, and E. Bullitt, "Registration and Analysis of Vascular Images," International Journal in Conputer Vision, vol. 55, Jan. 2003.
  36. S. R. Aylward, J. Jomier, J. Guyon, and S. Weeks, Intra-operative 3D ultrasound augmentation. IEEE International Symposium on Biomedical Imaging , 2002, pp. 421-424
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